Cena električne energije iz fotonaponskih panela je zbog upotrebe čistih materijala i visoke tehnologije izrade dosta veća (gotovo faktor 2x) od cene iz konvencijalnih izvora, ali zato je to vrlo čisti raspostranjen oblik energije te vrlo ispaltiv u područjima gde nema klasične električne infrastrukture. Fotonaponski izvori struje ne zagađuju okolinu, nisu radioaktivni i nemaju pokretnih delova. U priloženoj tablici dat je odnos stvaranja otpadnih gasova za pojedine oblike izvora energije, u račun je uzeto i zagađenje koje se stvara za proizvodnju poluprovodničkih materijala.

Tabela otpadnih gasova za pojedine izvore energije

IZVOR ENERGIJESO (g/KWh)NO (g/KWh)C u CO2 (g/KWh)
Ugljen3,4001,80322,8
Lož ulje - Nafta1,7000,88258,5
Prirodni plin0,0010,90178,0
Nuklearna elektrana0,0300,0037,800
Fotonaponske ćelije0,0200,0075,300

Kada se postavlja pitanje koliko je fotonaponski sistem isplativ odgovor je relativan. Korišćenje FN sistema može biti skuplje nego da se snabdevamo iz lokalne mreže. Ali je dramatično isplativije ako moramo da sprovodimo električne vodove na lokaciju na kojoj trenutno nema električnih instalacija (lokacije udaljene više od 0,4 kilometra 400 metara od lokalne mreže ili neki udaljeni planinski vrh). FN moduli mogu da koštaju i manje od US$5/watt, ali to je samo jedan deo cene sistema. Cena sistema bi mogla da sadrži zemljište, potpornu strukturu, baterije, invertor,...
Ukupna cena sistema bi mogla da ide od US$7/watt do US$20/watt i više, zavisno od kompleksnosti. Svaka situacija je jedinstvena, te je bilo kakva generalizacija po pitanju cene nezahvalna.

Tabela predviđanja pada cene FN sistema

Krajnji rokSO (g/KWh)NO (g/KWh)
201023
2020≤12
2030≤0,51

U gornjoj tablici vidimo predviđanja o padu cene FN sistama u narednim decenijama. Predviđanja su da će cena sistema opasti za više od 75%.